1、collinear

collinear發(fā)音

英：[k??l?n??r]　　美：[k??l?n??(r)]

英：　　美：

collinear中文意思翻譯

常用釋義：共線(xiàn)的

adj.共線(xiàn)的，同線(xiàn)的，在同一直線(xiàn)上的

collinear雙語(yǔ)使用場(chǎng)景

1、Longitudinal shear problems of collinear periodical rigid line inclusions at the interface of dissimilar materials were dealt with.───研究了不同材料界面含周期剛性線(xiàn)夾雜的縱向剪切問(wèn)題。

2、Equate to zero the moment sums about three points that are not collinear.───對不共線(xiàn)的三點(diǎn)的力矩的和等于零

3、Thirdly, the formation baseline maneuver and keeping problem near the collinear Lagrange point is studied.───研究了共線(xiàn)拉格朗日點(diǎn)附近編隊基線(xiàn)的機動(dòng)與保持控制問(wèn)題。

4、Hayes solves the problem of determining whether three points in a plane are collinear.───Hayes解決了如何確定一個(gè)平面上的三個(gè)點(diǎn)是否在一條直線(xiàn)上的問(wèn)題。

5、Secondly, the control system structure and station keeping problems near collinear Lagrange points are studied.───研究了編隊飛行的控制系統結構和共線(xiàn)拉格朗日點(diǎn)附近的周期軌道保持控制問(wèn)題。

6、Mechanical model is established for collinear multiple unequal cracks in transversely isotropic piezoelectric material.───建立了橫觀(guān)各向同性壓電材料中的共線(xiàn)非等長(cháng)多裂紋模型。

7、Pascal's Theorem : The points of intersection of the pairs of opposite sides of a hexagon inscribed in a conic are collinear .───帕司卡定理：給定一個(gè)圓上的六邊形，則此六邊形三對對邊直線(xiàn)的交點(diǎn)在同一直線(xiàn)上。

8、Figure 4-47 is a diagram of four-point collinear probe setup for resistivity measurements.───圖4 - 47是四點(diǎn)同線(xiàn)探針用于電阻率測量的配置圖。

collinear相似詞語(yǔ)短語(yǔ)

1、colloquially cows───俗稱(chēng)牛

2、ovoid collectible───卵形收藏品

3、collaborateur Cartier───卡地亞公司

4、collagenous ct───膠原ct

5、collum definition───共謀定義

6、smith college───史密斯學(xué)院

7、collectorate jamaica───牙買(mǎi)加收藏家

8、returning to college───重返大學(xué)

9、collectorship of port new york───紐約港收藏家

10、grants for college───大學(xué)助學(xué)金

2、TBtools | 更靈敏但也準確的串聯(lián)重復鑒定邏輯

早些時(shí)候，TBtools中增加了 唐海寶老師和王希胤老師 早年的作品 MCScan 注：當然事實(shí)上是MCScanX的GUI Wrapper。這個(gè)工具事實(shí)上適用于多基因組的共線(xiàn)性分析，其中重點(diǎn)在于 多基因組 注：傳言不能同時(shí)超過(guò)5個(gè)基因組，軟件/算法是十年前的，已然強大。當然，后續大多數人使用時(shí)，還是拿來(lái)做兩基因組。

Emmm，離題了。

回到主題。如果確實(shí)跑過(guò) MCScanX ，無(wú)論是自己跑，還是在用 TBtools 的跨平臺界面版，你都會(huì )在結果文件中找到“...tandem”。了解的人自然清楚，其中記錄了程序鑒定出來(lái)的串聯(lián)重復基因對。

為什么？共線(xiàn)性分析的目的是鑒定 基因組（包括不同物種基因組之間）不同位置上按照近乎相同順序排列的通源基因串 ，串聯(lián)重復本來(lái)就在一個(gè)位置上，搞他干啥？

稍微想想就會(huì )明白，MCScan的目的是多基因，而實(shí)際雙基因的共線(xiàn)性分析思想應是來(lái)源于CollinearScan注：王希胤老師早年的作品，其實(shí)與MCScan并存的，也有不少應用的還有另外一軟件 i-ADHoRe，這個(gè)軟件的思想更簡(jiǎn)單一點(diǎn)...用不上動(dòng)態(tài)規劃。CollinearScan大體可以認為是 將一個(gè)基因串當做一條序列，然后就...雙序列比對動(dòng)態(tài)規劃。簡(jiǎn)直不能再機智... 注：沒(méi)看文獻之前，我想到的是 i-ADHoRe類(lèi)似的算法...沒(méi)意識到轉換一下，果然簡(jiǎn)單。

OK，那么就明白了，既然基因串要轉換成序列，那么就是按照順序排，雙序列比對注： 針人 或者 水人 算法....可以搞定，但是串聯(lián)重復就會(huì )引起罰分。于是，作者給出的解法就是，那行，先把串聯(lián)重復的給處理掉唄，比如縮減為一個(gè)。于是，可以明白，為什么MCScanX為啥會(huì )有串聯(lián)重復結果...

Emmm... MCScanX 雖然有串聯(lián)重復鑒定邏輯與結果輸出。但相對細心的小伙伴，完全可以直接使用 TBtools 的 Gene Location 可視化功能 ，查看一下某個(gè)基因家族得染色體上的分布以及MCScanX鑒定出來(lái)的家族成員串聯(lián)重復基因對。

結果會(huì )讓你比較難受Emmm...其實(shí)也導致我兩年前在一個(gè)直播講演中--翻車(chē)，雖然我忘了，畢竟打圓場(chǎng)，我之所長(cháng)。

后來(lái)....大概也是去年年底的事情，課題需要，我想看看到底某個(gè)物種中有多少串聯(lián)重復基因.....情況又如何。想起了翻車(chē)事件，當然任何算法都有局限。我還是自己寫(xiě)了一個(gè)。結果如下：

上圖為菠蘿上的表現結果... 該鑒定出來(lái)的串聯(lián)重復基因，當然可以給你鑒定出來(lái) 。這個(gè)功能一直沒(méi)有開(kāi)放，因為....可能用到的人不多，沒(méi)有開(kāi)放意義... 開(kāi)放之后，又可能會(huì )招來(lái)一些人的 問(wèn)責 ，比如“用TBtools鑒定的串聯(lián)重復，可靠嗎？”...可不可靠，其實(shí)看看基因注釋看看具體位置就知道了？問(wèn)了也白問(wèn)....

當然，TBtools的這個(gè)功能并不專(zhuān)門(mén)設計用于 鑒定串聯(lián)重復，另有他用。這段時(shí)間，或許是大家都窩在家里沒(méi)事干， 天天搞比較基因組 相關(guān)分析...于是不時(shí)會(huì )有人問(wèn)到，為什么 MCScanX 輸出的串聯(lián)重復不全。其實(shí)這個(gè)原因有很多，其中一個(gè)是參數，另一個(gè)是你的目標基因的同源基因群體大小。但是參數動(dòng)一下，可能引入的是更多假陽(yáng)性。我均是基于其分析結果判斷而來(lái)，確實(shí)沒(méi)心思翻源碼注：看源碼這個(gè)事情....累覺(jué)不愛(ài)，我更喜歡看文章，或者自己直接想出一個(gè)新邏輯...。Emmm，唐老師后續的 jcvi 應是有不少改進(jìn)，不過(guò)... 我沒(méi)用過(guò)，python。新版本總是更好，具體此處不做贅述。

回到主題，既然 TBtools 讓更多人更輕松地開(kāi)展比較基因組分析，進(jìn)而導致使用問(wèn)題增加。那么，解決問(wèn)題的辦法就是 不要讓問(wèn)題存在被提出的可能 。

于是，我直接把 TBtools 的串聯(lián)重復鑒定邏輯 附加在 MCScanX Wrapper 的流程最后，輸出默認的tandem的同時(shí)，也輸出 TBtools 的鑒定結果。用戶(hù)愛(ài)哪個(gè)就看哪個(gè)....

突然又想起了一個(gè)事情，有人說(shuō) TBtools 就是各種軟件的 Wrapper。Sad... 你都不愿意花時(shí)間去了解，TBtools中130+個(gè)功能，Wrapper 不到10個(gè)，而且每個(gè) Wrapper 都保證跨平臺，你試試....

其中也有不少我個(gè)人實(shí)現/從頭思考的邏輯/算法，雖然可能只有相對了解我的人才會(huì )知道吧。不過(guò)一件一件的來(lái)，確實(shí)還是讓我覺(jué)得這樣的被定位并不是好事?？紤]還是干點(diǎn)別的去。

OK，三五天沒(méi)推文了...主要還是事情多，另外是確實(shí)沒(méi)啥好些的。難道，還是：

Emmm... 沒(méi)啥扯的就不扯了，

祝各位

別忘了，更新 TBtools ....