1、illu

illu發(fā)音

英：　　美：

illu中文意思翻譯

常見(jiàn)釋義：

伊盧

illu相似詞語(yǔ)短語(yǔ)

1、dilatator definition───擴張器定義

2、vile definition───卑鄙的定義

3、with my family───和我的家人在一起

4、ass pillow───屁股枕頭

5、light filter───n.濾光器；n.[光]濾光器（等于colourfilter）

6、billy crystal───[人名]比利克里斯托

7、give a bill───付賬單

8、reptilian records───爬行動(dòng)物記錄

9、swinerton builders───斯溫頓建筑商

10、frail synonym───脆弱同義詞

2、生信全書(shū) 挑 第一節:芯片基礎知識

基因芯片 ：是固定在某種介質(zhì)上（比如玻璃或石英平面、微粒等）的一系列微小特征序列的（通常是 DNA 探針）的集合，它們可以被用于定性或者定量檢查樣品內特異核酸分子的成份。

學(xué)習重點(diǎn)：

在中心法則上，芯片的制備和使用涉及到 DNA 復制，DNA 轉錄出 RNA，以及 RNA 逆轉錄到 DNA。待檢核酸樣本與探針結合遵循堿基互補配對原則。

目前的商業(yè)芯片都還會(huì ) 再把 cDNA 轉錄為 cRNA 進(jìn)行檢測 ，這樣再進(jìn)行一次轉錄有 2 個(gè)意義:

第一，RNA 與DNA 間的互補結合，較兩條 DNA 鏈間更為牢固，我們使用的是 DNA 探針，則 DNA 和 cRNA 結合的敏感性高于 DNA 和 cDNA;

第二，在體外，DNA 到 RNA 的大量轉錄非常簡(jiǎn)單，所以從 cDNA 到 cRNA，使得待測核酸又進(jìn)行了大量擴增，即使原來(lái)低豐度的 mRNA 也更好檢測。

芯片設計、靈敏度高、重復性高，穩定性好、產(chǎn)品線(xiàn)豐富、表達譜芯片覆蓋物種廣泛、通用性

Affymetrix 公司表達譜芯片的制作芯片采用的是 光蝕刻技術(shù) ，光蝕刻引導短探針合成，多位點(diǎn)設計。

每一 張芯片上又劃分出 650-680 萬(wàn)個(gè)小格子，被稱(chēng)為一個(gè)“ Feature ” ，即探針合成點(diǎn)或探針檢測單元，上面會(huì )通過(guò)高密度點(diǎn)陣技術(shù)和光蝕刻技術(shù)生長(cháng)出幾百萬(wàn)個(gè)具有相同序列DNA鏈，也就是探針。

一個(gè)通光孔對應一個(gè) Feature，有少數通光孔是通光的，則那些對應的 feature 是亮的，被稱(chēng)為 deprotected features，即“失保護 features”。通光的 feature 是允許添加一個(gè)新的核苷酸的。

接頭分子“L” ：添加第一個(gè) DNA 核苷酸的起點(diǎn)

光敏阻斷分子 ：是一種阻止 DNA 延長(cháng)反應的保護劑分子，用紅色小三角形表示。

3’IVT 芯片為例：

加入提取的待檢測的轉錄組 RNA→先通過(guò)逆轉錄得到第一鏈的 cDNA→緊接著(zhù)就通過(guò)復制合成第二鏈的 cDNA變成雙鏈 cDNA 之后，這個(gè)雙鏈 cDNA 就可以作為接下來(lái)轉錄的模板了。

用摻有生物素標記的 UTP 的 4 個(gè)單核苷酸的混合物，進(jìn)行 體外轉錄 ，轉錄得到 cRNA （轉錄出來(lái)的 cRNA 片段是帶有生物素標簽的）。

cRNA 打成片段后再依照堿基互補的原則與芯片上的 探針 進(jìn)行 雜交 ，將未結合的 cRNA 片段 洗脫 后，用標記了藻紅蛋白的鏈霉親合素 ( SAPE )對芯片進(jìn)行 染色 ?？砂l(fā)出 紅色熒光 ， 有一步熒光信號放大過(guò)程。最后進(jìn)行 激光掃描 ，得到一張有著(zhù)密密麻麻光點(diǎn)的圖片，這張圖片也就是熒光信號的矩陣。

光點(diǎn)的 X、Y 軸的位置，也就是探針的 ID 號。

光點(diǎn)的 (光)強度 ，也就對應著(zhù)被雜交到的 cRNA 的量 反映了對應基因的 mRNA 的表達量 。

3'端表達譜芯片 3´IVT：缺點(diǎn)：①很多同源基因是區分不開(kāi)的；②不能區分轉錄本，所以不能用于研究基因可變剪接。③價(jià)格上沒(méi)有優(yōu)勢。

全轉錄組芯片 WT：①結果準確；②全轉錄本表達譜；③可變剪接的分析；④檢測長(cháng)鏈非編碼RNA（LncRNA）

Tiling 芯片 ：疊瓦式芯片、嵌合芯片，用于尋找和發(fā)現新轉錄本以及結合染色質(zhì)免疫共沉淀實(shí)驗研究蛋白和基因互作。目前分辨率最高的基因芯片類(lèi)型，可以用作全轉錄組分析。

SNP 芯片 ：常用來(lái)做 GWAS(讀作 G-was)研究。

CNV 研究 ： SNP 芯片，還可以使用 OncoScan 和 CytoScan 系列。

定制芯片 ：石蠟標本芯片(X3P Array)

甲基化芯片 ：都被經(jīng)典的 Illunima 的 850K 和 450K 霸占了

優(yōu)勢 ：

1)上樣量低

2)重復性高且檢測通量大

3)特異性高

4)數據準確性高

5)檢測的費用相對低廉。

Illumina的芯片分兩種，：SAM和右邊的 Sentrix BeadChip，表達譜芯片一般為Sentrix BeadChip，它由硅片和二氧化硅微珠兩部分組成。通過(guò)微機電系統技術(shù)等離子蝕刻，在硅片上蝕刻出許多個(gè)排列整齊的小孔。

專(zhuān)家認為把芯片掃描技術(shù)帶入到 臨床質(zhì)量標準 是將全基因組染色體分析的優(yōu)勢 推廣到臨床領(lǐng)域的一個(gè)重要里程碑。

Agilent 的基因芯片應用的是 噴點(diǎn)式化學(xué)原位合成 技術(shù)(SurePrint 技術(shù))，檢測原理也是基于 3’IVT 原理。

優(yōu)點(diǎn) ：

1)獨特的 SurePrint 原位合成技術(shù)、

2)靈活方便的定制服務(wù)、

3)cRNA 鏈上直接標記 Cy5 熒光基團，檢測過(guò)程快、

4)檢測線(xiàn)性范圍更大、

5)60-mer 長(cháng)探針，特異性好、

6)樣本用量少，節約珍貴樣本、

7)可選擇雙色(通道)芯片檢測

3’IVT：

第一個(gè)問(wèn)題，Affymetrix 的 U133 系列、PrimeView 和 Agilent 的 SurePrint G3 都是 3’IVT

第二個(gè)問(wèn)題，轉錄本水平的檢測或可變剪接的研究選擇什么芯片?

第三個(gè)問(wèn)題，研究LncRNA用什么芯片?

對于其他要求，比如定制化芯片、雙色芯片等，肯定優(yōu)先選擇 Agilent。

如果樣品珍貴，建議選擇Agilent的SurePrint G3 Human Gene Expression v3 8x60K Microarray和Illumina的Human HT-12 V4，上樣量相對較小。

追求性?xún)r(jià)比，也建議選擇Agilent的SurePrint G3 Human Gene Expression v3 8x60K Microarray 和 Illumina 的 Human HT-12 V4。

其他芯片

首先 RNA-Seq 的技術(shù)優(yōu)勢是: 1)不需要物種或轉錄本特異性探針;

2)它可以檢測新的轉錄本、基因融合、SNPs(包括突變)、INDELs(小插入和缺失)以及芯片無(wú)法檢測到的其他未知的變化，而芯片是個(gè)相對封閉的系統，即只能對已知的序列進(jìn)行檢測;

3)有更寬的動(dòng)態(tài)范圍；如果選擇測序，還要注意:一是建庫類(lèi)別，即全基因組還是全外顯子組測序，二是測序深度

芯片 的優(yōu)勢：

芯片進(jìn)行定量會(huì )更為準確，而測序具有一定的偏好性；

研究低豐度轉錄本（基因）或者樣本為石蠟包埋組織（RNA 降解嚴重），同樣價(jià)位測序深度不高時(shí)，芯片較為合適；當然不同的芯片的準確度和適用情況也不同，也需要做好篩選；

一張芯片可以同時(shí)對多組學(xué)（如編碼基因表達、LNCRNA 和 mRNA）進(jìn)行檢測，而測序則由于建庫方法的限制，一般要對它們進(jìn)行分別檢測芯片的實(shí)驗周期通常約為測序的一半時(shí)間或者更短；

根據研究材料、目的和性?xún)r(jià)比選擇最合適的方法