?contig

contig發(fā)音

英：　　美：

contig中文意思翻譯

n. 毗連群

contig常見(jiàn)例句

1 、contig sequence───連續體序列

2 、cosmid contig───cosmid連續克隆體

3 、contig maps───跨疊片段圖譜

4 、Sequencing analysis of the 323 kb contig of rice chromosome 4 identified a gene cluster encoding 7 dihydroflavonol-4-reductase (DFR)-like proteins within a 56 kb region.───通過(guò)對水稻 4號染色體一段 32 3kb的序列測定和分析 ,在其中 56kb的區域內發(fā)現了一個(gè)由 7個(gè)編碼二氫黃酮醇還原酶 (DFR)類(lèi)似蛋白基因組成的基因簇。

5 、RAD is a contig-oriented database for high-quality manual annotation of RGP, which can present non-redundant contig analyses by merging the accumulated PAC/BAC clones.───**詳情:RAD是經(jīng)RGP高質(zhì)量人工注釋的以序列疊連群為導向的數據庫，可以代表了以合并多個(gè)PAC/BAC克隆為方法的非冗余疊連群分析。

6 、Construction of A Bacterial Artificial Chromosome (BAC) Contig Encompassing the Bacterial Blight Resistance Gene Xa4 Locus in Rice───水稻抗白葉枯病基因Xa4位點(diǎn)跨疊BAC克隆群的構建

7 、The integrated contig with five sequences was identified to 8, 675bp, exactly, which separately comprised Bos taurus rRNA gene of 18S, ITS1, 5.8S, ITS2 and 28S with the length of l,873bp, 1, 072bp, 150bp, 1, 038bp and 4, 542bp.───采用DNAstar的SeqMan軟件將5個(gè)奶牛rRNA基因片段序列拼接成8，675bp的片段，找出18S rDNA、ITS1、5.8SrDNA、ITS2和28S rDNA大小分別為1，873bp、1，072bp、150bp、1，038bp和4，542bp。

8 、The wildlife reserves a r e concentrated in the western Sichuan, the region around Poyang Lake, the contig uous areas of Sichuan, Guizhou and Hunan.───野生生物類(lèi)自然保護區在川西高原、川黔湘接壤帶和鄱陽(yáng)湖附近比較集中。

9 、The homology of the fourth contig and coxsackie virus B6 was 97 3% at amino acids level.───部分序列與柯薩奇病毒B6型氨基酸同源率達 97 3% ;

10 、Contig assembly───序列拼接

11 、contig map───鄰接克隆圖

12 、Contig Construction and BAC1J9 Sequencing and Analysis at Rht-Dlc Locus───小麥Rht-Dlc位點(diǎn)跨疊群構建及BAC1J9序列分析

13 、CodonCode Aligner is a program for sequence assembly, contig editing, and mutation detection, available for Windows and Mac OS X.───資源簡(jiǎn)介：DNA測序trace圖編輯、突變分析、contig編輯、序列拼接軟件。

Contig N50和Scaffold N50

對一條染色體進(jìn)行測序，將測序得到的reads進(jìn)行拼接，能夠完全拼接起來(lái)，中間沒(méi)有g(shù)ap的序列稱(chēng)為contig。 如果中間有g(shù)ap,但是gap的 長(cháng)度我們知道，這樣的序列就叫做scaffold。

Contig N50：Reads拼接后會(huì )獲得一些不同長(cháng)度的Contigs.將所有的Contig長(cháng)度相加,能獲得一個(gè)Contig總長(cháng)度.然后將所有的Contigs按照從長(cháng)到短進(jìn)行排序,如獲得Contig 1,Contig 2,contig 3...………Contig 25.將Contig按照這個(gè)順序依次相加,當相加的長(cháng)度達到Contig總長(cháng)度的一半時(shí),最后一個(gè)加上的Contig長(cháng)度即為Contig N50.舉例：Contig 1+Contig 2+ Contig 3 +Contig 4=Contig總長(cháng)度 1/2時(shí),Contig 4的長(cháng)度即為Contig N50.ContigN50可以作為基因組拼接的結果好壞的一個(gè)判斷標準.

Scaffold N50：Scaffold N50與Contig N50的定義類(lèi)似.Contigs拼接組裝獲得一些不同長(cháng)度的Scaffolds.將所有的Scaffold長(cháng)度相加,能獲得一個(gè)Scaffold總長(cháng)度.然后將所有的Scaffolds按照從長(cháng)到短進(jìn)行排序,如獲得Scaffold 1,Scaffold 2,Scaffold 3...………Scaffold 25.將Scaffold按照這個(gè)順序依次相加,當相加的長(cháng)度達到Scaffold總長(cháng)度的一半時(shí),最后一個(gè)加上的Scaffold長(cháng)度即為Scaffold N50.舉例：Scaffold 1+Scaffold 2+ Scaffold3 +Scaffold 4 +Scaffold 5=Scaffold總長(cháng)度 1/2時(shí),Scaffold 5的長(cháng)度即為Scaffold N50.Scaffold N50可以作為基因組拼接的結果好壞的一個(gè)判斷標準.

在序列拼接中，為什么說(shuō)n50越大，拼接效果越好

因為如果n50越大，表明那些含有較多堿基的reads就較多，也就是長(cháng)片段的reads很多，當然拼接的效果也就越好。

舉個(gè)例子，比如一個(gè)基因組大小是1M，測序得到若干條reads，這些reads進(jìn)行拼接，如果完全可以拼接起來(lái)，中間沒(méi)有g(shù)ap的序列稱(chēng)為contig，即連續的意思。如果中間有g(shù)ap,但是可以知道gap的長(cháng)度，這樣的序列就叫做scaffold, 即腳手架（非連續）的意思。

然后把contig 和 scaffold 從長(cháng)到短進(jìn)行排列，然后相加，當恰好加到1M的50％，也就是500k的時(shí)候 ，那一條 contig 或者scaffold 的長(cháng)度就叫做Contig N50和Scaffold N50。很明顯這個(gè)數值越大說(shuō)明組裝的質(zhì)量越好。 

即：從最長(cháng)的開(kāi)始倒數，數到長(cháng)度為總長(cháng)度一半的片段，最后一個(gè)被數到的片段越長(cháng)，說(shuō)明長(cháng)的片段越多，最后組裝的質(zhì)量越好。 

拼接分析原理：

測序儀器一次測量的長(cháng)度有限，通常會(huì )對樣本中的序列進(jìn)行飽和式測量，原始數據文件中會(huì )包含大量來(lái)自基因不同位置、長(cháng)度不同的短序列。拼接工作將這些短序列按照一定順序排列并篩除重復部分，合成長(cháng)序列。